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Depuis 1922, adaptation, du grec ancien χονδριον, chondrion (« granule »), diminutif de χόνδρος, chondros (« corps dur, grain »), avec le suffixe -ome.
Les éléments constitutifs du chondriome ont reçu des dénominations selon leur forme ou leur disposition : chondriocontes ou chondriosomes (présentant la forme de bâtonnets), mitochondries (sphériques ou ellipsoïdales), chondriomites (chapelets de mitochondries).