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(Génétique) Ensemble des gènes contenus dans un biotope donné, toutes espèces mélangées.
Le métagénome constitué du génome humain et du microbiome intestinal est nécessaire au bon déroulement de la digestion.
La métagénomique (Handelsman, 2004) qui considère l’ensemble des génomes d’une communauté microbienne ou d’un écosystème entier comme un seul génome appelé métagénome, est une discipline en émergence.— (Gérard Fonty, Frédérique Chaucheyras-Durand, Les écosystèmes digestifs, 2007)