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Du grec ancien ὖ ψιλόν, û psilón, composé de υ, u, y et de ψιλός, psilós (« nu, simple »).
La lettre s’est prononcée \u\ (‹ ou › en français) à l’époque archaïque. Et les Grecs l’appelaient « u » sans préciser s’il était simple ou non. En témoigne l’adjectif grec ὑοειδής, hyoeidếs qui donne « hyoïde » (« en forme de U ») au lieu de « upsilonoïde ».
On a changé son nom en « u psilon » (« u simple » → voir epsilon, « e simple ») pour le séparer du digramme ‹ οι ›, qui avait la même prononciation. Ceci explique que des mots empruntés au grec et portant ce digramme varient dans leur prononciation (voir, par exemple, économie, Œdipe, œnologie).
La prononciation de la lettre s’est fermée en \y\ (‹ u › français) à l’époque classique ce qui explique que les Romains aient créé, dans leur alphabet, la lettre ‹ y › pour transcrire un son qui n’existait pas dans leur langue : le grec ancienὑποθήκη, hupotếkê (« hypothèque ») devient ainsi hypoteca en latin.
En grec moderne, elle se prononce \i\ sauf en deuxième lettre d’une diphtongue graphique ; le changement de prononciation a dû avoir lieu à l’époque de la koinè : les mots grecs empruntés par les langues slaves et germaniques au moment de l’évangélisation de ces peuples (au IXe siècle) portent la trace de cette prononciation (voir, par exemple církev « église » en tchèque). En grec moderne, la prononciation d'upsilon après alpha ou epsilon suit les règles suivantes : ‹ αυ › = \af\ (devant κ, π, τ, χ, φ, θ, σ, ξ, ψ), \av\ (devant β, γ, δ, ζ, λ, μ, ν, ρ et voyelles) ; ‹ ευ › = \ɛf\ (devant κ, π, τ, χ, φ, θ, σ, ξ, ψ), \ɛv\ (devant β, γ, δ, ζ, λ, μ, ν, ρ et voyelles).
On dit « i grec » car les mots français qui contiennent le « y » proviennent majoritairement du grec ancien et se sont écrits avec un upsilon dans cette langue.
En grec ancien, les rhôs et les upsilons initiaux sont marqués par l’esprit rude.